Shopifyとfreeeを連携する方法とは？メリットと注意点を解説

Shopifyストアの注文数が増えると、売り上げや送料、割引、決済手数料などを会計ソフトへ入力する作業にも多くの時間がかかります。手作業で転記している場合、入力ミスや記帳漏れにも注意が必要です。

Shopifyとfreee会計は、専用アプリを利用して連携できます。注文データを自動で記帳できるため、日々の経理作業を効率化しながら、Shopifyストアの売り上げを管理しやすくなります。

本記事では、Shopifyとfreeeの連携でできることや料金、設定方法、メリットを解説します。キャンセルや返品、0円注文など、連携時に確認しておきたい注意点も紹介します。

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目次

• Shopifyとfreeeはアプリで連携できる

  • freee会計とは

  • 「かんたんfreee会計データ連携」を利用する

  • Shopifyとfreeeの連携にかかる料金

  • 連携アプリ「かんたんfreee会計データ連携」の料金

  • freee会計の法人向け料金

• Shopifyとfreeeの連携でできること

  • Shopifyの注文データを自動・手動で記帳する

  • 注文ごと・日ごとにまとめて記帳する

  • 注文時・発送メール送信時から記帳タイミングを選ぶ

  • 注文の詳細情報を記帳する

  • 送料・割引・消費税を分けて記帳する

  • Shopify ペイメントの決済手数料を記帳する

  • 削除したデータを強制記帳で再連携する

  • 軽減税率・POS・棚卸処理に対応する

• Shopifyとfreeeを連携する方法

  • STEP1．freee会計のアカウントを用意する

  • STEP2．Shopifyアプリをインストールする

  • STEP3．料金プランを選択する

  • STEP4．freee会計とアプリを接続する

  • STEP5．勘定科目や記帳方法を設定する

  • STEP6．注文データを連携して確認する

• Shopifyとfreeeを連携するメリット

  • 記帳作業を効率化できる

  • 入力ミスや記帳漏れを防ぎやすい

  • 売り上げ状況を把握しやすくなる

  • 注文数の増加に対応しやすい

  • 送料や割引を詳しく管理できる

• Shopifyとfreeeを連携する際の注意点

  • Shopify・freee会計・連携アプリの料金がかかる

  • プランごとに記帳数と機能が異なる

  • キャンセル・返品は自動で記帳されない

  • 0円の注文は記帳対象外となる

  • 自動連携はリアルタイムではない

  • 複数のShopifyストアでは個別の契約が必要となる

  • freee会計の権限によって連携先が表示されない場合がある

  • 勘定科目や売上計上日を事前に確認する

Shopifyとfreeeはアプリで連携できる

Shopifyとfreee会計は、Shopifyアプリを導入すれば注文データを連携できます。ここでは、連携に利用するアプリの概要を詳しく解説します。

freee会計とは

freee会計は、日々の記帳から帳簿や決算書の作成まで、経理・会計業務をオンラインで管理するクラウド会計ソフトです。法人だけでなく、個人事業主も利用できます。

freee会計では、売り上げや経費などの取引を記帳し、仕訳帳や総勘定元帳、決算書などを作成できます。見積書や請求書の作成、支払管理、経営状況の確認にも対応しています。

銀行口座やクレジットカード、外部サービスのデータを取り込み、記帳作業を効率化できる点が特徴です。Shopifyと連携すれば、ECサイトで発生した注文を会計データへ反映しやすくなります。

Shopifyストアでは、商品代金だけでなく、送料や割引、消費税、決済手数料なども発生します。これらの情報をfreee会計へ連携することで、Shopifyの売り上げと入金額を確認しやすくなります。

「かんたんfreee会計データ連携」を利用する

Shopifyとfreee会計の連携には、Shopify App Storeで提供されている「かんたんfreee会計データ連携」を利用します。

同アプリは2021年にfreeeとのAPI連携を開始し、現在は、月間の記帳数や必要な機能に応じて四つの有料プランが提供されています。

Shopifyとfreee会計を連携すると、次のような流れで注文情報が記帳されます。

1. Shopifyストアで注文が発生する
2. 連携アプリが注文データを取得する
3. 注文情報をfreee会計へ送信する
4. freee会計に売り上げ取引として記帳する
5. 売り上げや入金情報をfreee会計上で管理する

連携アプリを利用しても、Shopifyやfreee会計の契約が不要になるわけではありません。Shopifyとfreee会計、連携アプリのそれぞれを契約する必要があります。

Shopifyとfreeeの連携にかかる料金

Shopifyとfreee会計を連携するには、連携アプリとfreee会計の両方で利用料金がかかります。ここでは、連携アプリとfreee会計の法人向け料金を紹介します。

連携アプリ「かんたんfreee会計データ連携」の料金

Shopifyとfreee会計の連携アプリには、月間記帳数や機能が異なる四つの料金プランがあります。

2026年7月時点の料金プランは次のとおりです。

料金は全て米ドルで請求されます。定期料金と従量料金の請求は30日ごとです。

ライト、ベーシック、アドバンスドでは、月間記帳数の上限を超えると従量料金が発生します。

• ライト：1件当たり0.3ドル

• ベーシック：1件当たり0.15ドル

• アドバンスド：1件当たり0.05ドル

freee会計の法人向け料金

連携アプリを利用するには、別途freee会計の法人向けプランを契約する必要があります。

2026年7月時点の主な料金は次のとおりです。表示価格は全て税抜きです。

アドバンスとエンタープライズを含め、プランによってメンバー追加や経費精算、受発注書類の送付などに従量料金が発生します。

Shopifyとの注文連携だけを目的としてfreee会計を選ぶのではなく、利用人数や経費精算、経営分析、権限管理など、会計業務全体で必要な機能を確認しましょう。

Shopifyとfreeeの連携でできること

Shopifyとfreee会計を連携すると、注文データの記帳だけでなく、送料や割引、決済手数料などの会計処理も効率化できます。ここでは、連携アプリの主な機能を詳しく解説します。

Shopifyの注文データを自動・手動で記帳する

「かんたんfreee会計データ連携」では、Shopifyで発生した注文をfreee会計へ自動または手動で記帳できます。

デフォルト設定で自動連携を設定すると、原則として前日に発生した注文が翌日の午前9時頃に記帳されます。そのため、注文が入るたびにShopifyの管理画面を確認し、freee会計へ転記する必要がありません。

ただし、決済手数料ありモードでShopify ペイメントの注文を連携する場合は、注文日ではなく、支払いステータスが「支払い済み」になった支払いデータが基準です。そのため、必ずしも注文日の翌日に記帳されるとは限りません。

手動連携では、対象期間を指定して注文データを取り込みます。連携前に発生した注文や、2日以上前の注文を記帳する場合に利用します。

注文ごと・日ごとにまとめて記帳する

Shopifyの注文は、注文ごとに記帳する方法と、1日分をまとめて記帳する方法から選べます。

注文ごとの記帳では、注文単位でfreee会計に取引が作成されます。注文内容を個別に確認したい場合や、注文単位で売り上げを管理したい場合に適しています。

日ごとの記帳では、同じ日に発生した注文をまとめてfreee会計へ登録します。注文数が多いストアでも、freee会計上の取引件数を抑えながら売り上げを管理できます。

日ごとにまとめて記帳するには、ベーシックプラン以上の契約が必要です。ライトプランでは、注文ごとの記帳のみ利用できます。

注文時・発送メール送信時から記帳タイミングを選ぶ

freee会計へ記帳するタイミングは、注文が発生した時点と商品を発送した時点から選べます。

主な設定は次のとおりです。

• 注文が発生したタイミングで記帳する

• 発送メールを送信したタイミングで記帳し、発送日を発生日にする

• 発送メールを送信したタイミングで記帳し、注文日を発生日にする

発送メールの送信時に記帳する設定では、1件の注文に複数の商品が含まれている場合、最初の商品に関する発送メールを送信した時点が記帳の基準です。

発送メールの送信日を発生日にする設定で、発送メールを送信しなかった場合は、注文日がfreee会計上の発生日として扱われます。

注文時以外の記帳タイミングを選ぶには、ベーシックプラン以上の契約が必要です。売り上げを計上する基準は事業者の会計方針によって異なるため、設定前に税理士や経理担当者へ確認しましょう。

注文の詳細情報を記帳する

Shopifyとfreee会計を連携すると、商品代金以外の注文情報も記帳できます。

主な連携項目は次のとおりです。

freee会計に登録されている勘定科目、部門、品目、取引先、メモタグは、アプリ側の設定へ反映できます。

注文番号や注文者名、決済方法、商品名などは、freee会計の取引メモへ記載可能です。ただし、決済手数料ありモードでは、商品名を取引メモへ記載する設定が無効となります。

なお、freee会計の「取引先」は、原則としてShopifyやAmazonなどの販売チャネルを分類する用途を想定しています。Shopifyの購入者ごとに取引先を作成する機能ではありません。購入者名は取引メモへ記載します。

利用できる項目や登録数はプランによって異なります。品目や部門、メモタグなどを利用する場合は、各プランの機能を確認してください。

送料・割引・消費税を分けて記帳する

Shopifyの注文に含まれる送料や割引には、商品代金とは異なる勘定科目を設定できます。消費税についても、Shopifyの税額に応じた課税区分をfreee会計へ反映できます。

送料は、商品代金と同じ勘定科目へまとめる他、別の勘定科目へ記帳する、または記帳しない設定を選べます。顧客から受け取った送料をどの勘定科目で処理するかは、税理士や経理担当者へ確認しましょう。

割引については、次の方法から選択できます。

• 割引を記帳しない

• 商品の勘定科目にマイナス金額として記帳する

• 割引用の別の勘定科目へ記帳する

割引の会計処理は、クーポンやポイントの仕組み、費用の負担者などによって異なります。

送料や割引の処理方法、消費税の課税区分を細かく変更するには、ベーシックプラン以上の契約が必要です。ライトプランでは、設定できる方法が限定されています。

Shopify ペイメントの決済手数料を記帳する

連携アプリには、Shopify ペイメントの決済手数料を記帳する「決済手数料ありモード」があります。

Shopify ペイメントでは、商品代金から決済手数料や調整額などが差し引かれた金額がストアへ入金されます。そのため、Shopify上の売り上げと銀行口座への入金額には差が生じます。

決済手数料をfreee会計へ記帳すると、売り上げと手数料を分けて管理できます。Shopifyから銀行口座へ振り込まれた明細と、freee会計に登録された未決済取引の消込も進めやすくなります。

ただし、決済手数料ありモードでは、商品代金と送料を分けて記帳できません。送料にかかる税金についても、送料とは別に記帳されないため注意が必要です。

削除したデータを強制記帳で再連携する

Shopifyからfreee会計へ一度連携した取引をfreee会計上で削除した場合は、「強制記帳」を使って再度取り込めます。

手動連携の画面で「過去に記帳された内容でも強制的に記帳する」にチェックを入れると、過去の連携履歴にかかわらず、指定した注文が再度記帳されます。

強制記帳は、freee会計上で取引を削除した場合に限って利用することが推奨されています。同じ取引が残っている状態で実行すると重複する恐れがあるため、記帳後にfreee会計の取引一覧を確認しましょう。

軽減税率・POS・棚卸処理に対応する

連携アプリは、軽減税率やShopify POSの注文データに対応しています。また、Shopifyの商品情報を使った棚卸処理も支援します。

軽減税率を反映するには、あらかじめShopify側で対象商品に8％の税率を設定し、連携アプリで「消費税額に応じて自動で決定する」を選択します。送料を標準税率10％として処理する場合は、Shopify側で配送に関する税率も設定する必要があります。

Shopify POSで受け付けた注文もfreee会計へ連携できます。ただし、POSへの対応はアドバンスドプラン以上が対象です。

複数のロケーションを運営している場合は、ロケーションごとにfreee会計の部門を割り当てられます。この設定はエンタープライズプランで提供されています。

棚卸仕訳支援はアドバンスドプラン以上で利用できます。Shopifyの商品やバリエーションごとの在庫数、1点当たりの費用、在庫評価額などをCSVファイルで確認できます。

Shopifyとfreeeを連携する方法

Shopifyとfreee会計の連携は、アプリのインストールと初期設定を順番に進めれば完了します。ここでは、アカウントの準備から連携結果の確認までを詳しく解説します。

STEP1．freee会計のアカウントを用意する

最初に、Shopifyと連携するfreee会計のアカウントを用意します。既に利用している場合は、連携先となる事業所や法人を確認してください。

アプリで選択できるfreee会計のアカウントは、「管理者」または「一般（経理）」の権限を持つアカウントに限られます。権限が不足していると、連携先の事業所や法人が表示されません。

連携前に、freee会計で使用する次の項目を登録しておくと、初期設定をスムーズに進められます。

• 勘定科目

• 取引先

• 品目

• 部門

• メモタグ

設定内容が決まっていない場合は、税理士や経理担当者へ確認してから連携を進めましょう。

STEP2．Shopifyアプリをインストールする

Shopify App Storeで「かんたんfreee会計データ連携」を検索し、アプリページを開きます。

「インストール」をクリックすると、Shopify管理画面にアプリが要求するアクセス権が表示されます。内容を確認した上で、インストールを承認してください。

アプリを追加するには、Shopifyアカウントへログインし、インストール先のストアを選択する必要があります。

STEP3．料金プランを選択する

アプリのインストール後、月間注文数や利用したい機能に合わせて料金プランを選択します。

プランを選ぶ際は、次の項目を確認してください。

• 月間の注文数過去

• 注文を連携する期間

• 送料や割引を分けて記帳するか

• 品目や部門を利用するか

• 日ごとにまとめて記帳するか

• 棚卸仕訳支援を利用するか

• 複数ロケーションを管理するか

プランを選択すると、Shopifyの画面にアプリ料金の承認画面が表示されます。料金と請求内容を確認し、承認を進めます。

アプリ利用料は、Shopifyのサブスクリプション料金などと同じ請求書に記載されます。

STEP4．freee会計とアプリを接続する

料金プランを選択したら、アプリの管理画面から「freee会計に接続する」をクリックします。

freee会計のログイン画面が表示された場合は、連携するアカウントでログインしてください。アクセス権と対象事業所を確認し、Shopifyとの連携を許可します。

その後、Shopifyのデータを記帳する法人または事業所を選択します。複数の法人や事業所を管理している場合は、連携先を間違えないように注意してください。

連携先が表示されない場合は、freee会計側のアカウント権限や年度締めの状態を確認します。年度締めを実施している期間にはデータを連携できない場合があります。

STEP5．勘定科目や記帳方法を設定する

freee会計との接続が完了したら、注文データの記帳方法を設定します。

主な設定項目は次のとおりです。

• 売り上げの勘定科目

• 取引先

• 品目

• 部門

• メモタグ

• 取引メモ

• 送料の勘定科目

• 割引の勘定科目

• 消費税の処理決

• 済手数料の処理

• 注文時または発送時の記帳

• 注文ごとまたは日ごとの記帳

• 自動連携または手動連携

売り上げの勘定科目には、一般的に「売上高」を設定します。ただし、商品の種類や販売方法によって適切な処理が異なる場合があります。

Shopify ペイメントを利用している場合は、決済手数料ありモードを利用するかどうかも決めます。売り上げ、手数料、入金額の消込方法を含めて設定してください。

STEP6．注文データを連携して確認する

設定後は、実際の注文データを手動で連携し、記帳内容を確認します。

手動連携を実行した後は、アプリの連携履歴から処理結果を確認できます。自動連携を選択した場合は、原則として翌日の午前9時頃に連携履歴とfreee会計を確認します。

次の項目に問題がないか確認してください。

• 売上金額

• 消費税率

• 送料

• 割引額

• 決済手数料

• 勘定科目

• 発生日

• 取引先

• 部門

• 品目

• メモタグ

• 取引メモ

設定に誤りがある場合は、アプリの連携設定を修正します。本格的な自動連携を始める前に、少数の注文で確認しておくと安心です。

Shopifyとfreeeを連携するメリット

Shopifyとfreee会計の連携は、記帳作業の効率化だけでなく、入力精度や売り上げ管理の改善にもつながります。ここでは、Shopifyストアがfreee会計と連携する主なメリットを詳しく解説します。

記帳作業を効率化できる

Shopifyとfreee会計を連携する最大のメリットは、注文データの転記作業を減らせる点です。

手動で記帳する場合は、Shopifyの注文管理画面を確認しながら、注文日や注文番号、商品代金、送料、消費税などをfreee会計へ入力します。注文数が増えるほど、経理担当者の負担も大きくなります。

自動連携を設定すれば、前日の注文データが原則として翌日に記帳されます。経理業務にかかる時間を抑え、商品開発や販売促進、顧客対応などに人員を振り分けやすくなります。

入力ミスや記帳漏れを防ぎやすい

Shopifyの注文を手作業で転記していると、金額の入力間違いや注文番号の誤記、消費税率の選択ミスなどが発生する場合があります。

複数の注文をまとめて入力すると、一部の注文を記帳し忘れる可能性もあります。月末にまとめて処理しているストアでは、注文内容の確認にも時間がかかるでしょう。

アプリがShopifyの注文データを取得して記帳するため、手入力によるミスや漏れを抑えられます。ただし、キャンセルや返品など、自動で処理されない取引もあるため、定期的な確認は必要です。

売り上げ状況を把握しやすくなる

Shopifyの注文を毎日freee会計へ連携すると、売り上げ情報を継続的に更新できます。

月末にまとめて入力する運用では、月の途中で正確な売り上げ状況を確認しにくくなります。自動連携を利用すれば、直近の注文データをfreee会計へ反映し、売り上げの推移を把握しやすくなります。

部門や品目、取引先、メモタグを設定すると、販売チャネルや店舗、商品区分ごとに売り上げを分類できます。Shopify POSを利用している場合は、ECサイトと実店舗の売り上げ管理にも活用できます。

注文数の増加に対応しやすい

Shopifyストアの成長に伴って注文数が増えると、手作業による記帳には限界が生じます。

注文数が2倍になれば、入力作業も基本的に増加します。経理担当者の採用や外部委託が必要になり、運営コストが上がる場合もあるでしょう。

自動連携を導入すると、注文数が増えても記帳作業の増加を抑えられます。ストアの成長に合わせて料金プランを変更すれば、月間数百件以上の注文にも対応しやすくなります。

送料や割引を詳しく管理できる

Shopifyストアでは、商品代金以外にも送料、割引、消費税、決済手数料などが発生します。

これらを商品代金と分けて記帳すると、売り上げに対して送料や決済手数料がどの程度発生しているかを確認しやすくなります。キャンペーンやクーポンによる割引額の把握にも役立ちます。

収益構造を詳しく確認できれば、送料無料の条件や割引施策、決済方法などを見直す際の判断材料として活用できます。

Shopifyとfreeeを連携する際の注意点

Shopifyとfreee会計を連携しても、全ての注文や会計処理が自動化されるわけではありません。ここでは、料金や注文処理、アカウント設定に関する注意点を詳しく解説します。

Shopify・freee会計・連携アプリの料金がかかる

Shopifyとfreee会計を連携するには、連携アプリだけでなく、Shopifyとfreee会計の契約も必要です。

毎月発生する主な費用は次のとおりです。

• Shopifyの月額料金

• freee会計の月額または年額料金

• 連携アプリの月額料金

• 連携アプリの超過料金

連携アプリの料金だけを見て導入を決めると、想定より総額が高くなる場合があります。利用するShopifyプランとfreee会計プランも含めて、毎月の費用を計算しましょう。

プランごとに記帳数と機能が異なる

連携アプリは、契約するプランによって月間記帳数や利用できる機能が異なります。

ライトプランでは、取引先、品目、部門、送料、割引、消費税などの詳細設定が含まれていません。日ごとのまとめ記帳や発送時の記帳を利用する場合も、ベーシックプラン以上が必要です。

また、ライト、ベーシック、アドバンスドには月間記帳数の上限があります。上限を超えた分には、1件ごとに超過料金が加算されます。

月によって注文数が大きく変動するストアは、繁忙期の注文数を基準にプランを選ぶと良いでしょう。

キャンセル・返品は自動で記帳されない

連携前にキャンセルまたは返品された注文は、freee会計へ記帳されません。

freee会計への連携後に注文がキャンセルされた場合、既に記帳された取引は自動で削除されません。freee会計上で該当取引を削除するか、キャンセルや返品に対応した会計処理を行う必要があります。

返金方法や金額によって適切な処理は異なります。一部返金や返品が発生した場合は、Shopifyの注文情報とfreee会計の取引内容を照合してください。

0円の注文は記帳対象外となる

クーポンやディスカウントによって合計金額が0円となった注文は、freee会計へ記帳されません。

無料サンプルや全額割引キャンペーンを実施しているストアでは、0円注文が連携履歴に表示されない点に注意が必要です。

会計上の処理や在庫管理が必要な場合は、Shopifyの注文管理画面やCSVファイルで対象注文を確認し、必要に応じて別途処理します。

自動連携はリアルタイムではない

自動連携を設定しても、注文が発生した直後にfreee会計へ反映されるわけではありません。

通常は、前日の注文が翌日の午前9時頃に記帳されます。発送時の記帳を設定した場合は、発送メールを送信した日の翌日午前9時頃が目安です。

当日の売り上げをすぐにfreee会計へ反映したい場合は、Shopifyの注文管理画面を確認するか、条件を指定して手動連携を実行します。

複数のShopifyストアでは個別の契約が必要となる

複数のShopifyストアを運営している場合、ストアごとに連携アプリをインストールして契約する必要があります。

例えば、三つのShopifyストアを運営している場合は、連携アプリのアカウントも三つ必要です。一つのアプリ契約だけで複数ストアをまとめて連携する仕組みではありません。

多店舗展開している事業者は、ストア数を含めてアプリの利用料を計算しましょう。

freee会計の権限によって連携先が表示されない場合がある

連携アプリで選択できるfreee会計の法人や事業所は、「管理者」または「一般（経理）」の権限を持つアカウントに限られます。

権限が不足している場合は、連携先を選ぶプルダウンに対象の法人が表示されません。freee会計の管理者へ依頼し、アカウント権限を確認してください。

freee会計で年度締めを実施している場合も、対象期間へデータを連携できないことがあります。必要に応じて年度締めを解除し、再度接続を試します。

勘定科目や売上計上日を事前に確認する

連携アプリでは、売り上げ、送料、割引、決済手数料などの勘定科目を設定できます。しかし、適切な勘定科目や処理方法は事業内容によって異なります。

売り上げを注文日に計上するか、発送日に計上するかについても、事業者が自由に決めて良いとは限りません。

初期設定を誤ると、多数の注文が不適切な内容で記帳される恐れがあります。自動連携を開始する前に、次の項目を税理士や経理担当者へ確認しましょう。

• 売り上げを計上する日

• 商品売り上げの勘定科目

• 送料の勘定科目

• 割引の処理方法決

• 済手数料の処理方法

• キャンセルや返品の処理方法

• 消費税の課税区分

• Shopify ペイメントの入金消込方法

設定後は少数の注文を連携し、freee会計上の取引内容に問題がないことを確認してから本格運用を始めます。