Shopifyでインボイス対応の請求書を発行方法！アプリはある？

インボイス制度の開始により、Shopifyストアでも請求書や領収書を「適格請求書」として発行できる体制づくりが求められています。しかし、Shopifyの標準機能だけではインボイス要件を満たす帳票を自動生成するのは難しく、運用方法に悩む事業者も少なくありません。

本記事では、インボイス制度の基本から、Shopifyで対応すべき書類の整理、発行方法の選択肢を分かりやすく解説します。

併せて、Order PrinterとMixlogue Quick Order Printerを使った具体的な発行手順や、Shopify利用料に関するインボイス上の注意点も紹介します。

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目次

Shopify インボイス制度の基本情報

• インボイス（適格請求書）とは

• 適格請求書発行事業者の登録で必要なこと

• インボイス対応で見直す書類と保存ルール（電子帳簿保存法）

Shopifyストアが発行すべきインボイス書類

• 請求書（明細書）で必須となる記載項目

• 領収書・納品書のインボイス対応ポイント

• BtoB取引で求められやすい帳票

Shopifyでインボイス（適格請求書）を発行する方法

• Shopify標準機能だけでは完結しない

• 手動で請求書を作成する

• 会計ソフトで発行する

• Shopifyアプリで発行する

インボイス（適格請求書）発行におすすめのアプリと発行方法

• Order Printer

• Mixlogue Quick Order Printer

インボイス制度の基本情報

インボイス制度は、消費税の仕入税額控除に関わる重要な制度であり、ShopifyでEC運営を行う事業者にも実務上の影響があります。ここでは、インボイス制度の概要と、Shopifyストアで特に押さえるべきポイントを紹介します。

インボイス（適格請求書）とは

インボイスとは、正式には「適格請求書」のことで、一定の要件を満たした請求書・領収書等の書類を指します。2023年10月1日からインボイス制度が始まったことで、買い手（取引先）が消費税の仕入税額控除を受けるためには、原則としてインボイス（適格請求書）の保存が必要です。

つまり、Shopifyストア側（売り手）がインボイス（適格請求書）を発行できない、または必要項目を満たさない場合、取引先（主に法人や個人事業主）が税務処理上不利になる可能性があります。一般消費者向けの販売では影響が出にくい一方で、BtoB取引や卸販売を行う場合は、インボイス対応の有無が取引継続に直結するケースもあります。

インボイス（適格請求書）として認められるには、請求書や領収書などの書類に、登録番号や適用税率、税率ごとの消費税額などの項目を正しく記載する必要があります。EC運営では注文データを基に帳票を発行する場面が多いため、制度を理解した上で「出力できるフォーマット」を整備することが重要です。

適格請求書発行事業者の登録で必要なこと

インボイス（適格請求書）を発行するためには、税務署に申請を行い「適格請求書発行事業者」として登録を受ける必要があります。登録が完了すると、事業者には「T」から始まる登録番号が付与され、インボイスにその番号を記載できます。

ポイントは、単に帳票のフォーマットを整えるだけでは不十分という点です。登録を受けていない事業者は、要件を満たす形式で書類を作成しても「適格請求書の発行事業者」とは扱われないため、取引先が仕入税額控除を行う際の要件を満たせません。

また、免税事業者が課税事業者として登録するかどうかは、税負担や価格設計にも関わります。Shopifyでストア運営をしている場合でも、取引先が事業者中心であれば登録を求められることがあり、反対にBtoC中心であれば登録の優先度が下がるケースもあります。制度上のメリット・デメリットを整理した上で、自社の販路に合う判断が必要です。

インボイス対応で見直す書類と保存ルール（電子帳簿保存法）

インボイス制度への対応では、発行する帳票の整備だけでなく、保存ルールも含めた運用設計が欠かせません。特にShopifyストアでは、請求書や納品書、領収書をPDFで出力したり、メールで送付したりすることが多く、紙ではなく電子データとして管理されやすい点が特徴です。

ここで関係してくる法律が「電子帳簿保存法」です。電子帳簿保存法は、帳簿書類を電子データで保存する際のルールを定めた法律であり、データの真実性や可視性を担保するための要件（検索性の確保など）が定められています。インボイス制度は「適格請求書を保存すること」が要件であり、保存方法が電子になる場合は電子帳簿保存法の考え方も無視できません。

Shopify運営における実務のポイントは、発行したインボイスを「いつでも確認できる状態」で保管し、取引年月日や取引先、金額などで追える形にすることです。アプリで帳票発行を行う場合でも、出力だけで終わらせず、保存・管理まで含めて運用が回る設計にしておくと、税務対応の負担を大きく減らせます。

Shopifyストアが発行すべきインボイス書類

インボイス制度に対応するには、単に「請求書を出す」だけではなく、取引形態に応じて必要な帳票を整理しておくことが重要です。ここでは、Shopifyストア運営で対応すべき帳票の種類と、インボイスとして成立させるための要点を紹介します。

請求書（明細書）で必須となる記載項目

Shopifyで最も発行頻度が高い帳票は、注文内容を示す請求書（または明細書）です。インボイス制度では、この請求書（明細書）が「適格請求書」として要件を満たすかどうかが、税務上の取り扱いを左右します。

適格請求書として必要となる代表的な記載項目は、次のとおりです。

• 適格請求書発行事業者の氏名または名称
• 登録番号（Tから始まる番号）
• 取引年月日（注文日・決済日など）
• 取引内容（商品名、数量など。軽減税率対象の区分も含む）
• 税率ごとに区分した対価の額（税抜または税込）
• 税率ごとの消費税額等
• 書類の交付を受ける事業者の氏名または名称（取引先名）

Shopifyの注文情報には、商品名や数量、金額などの明細が含まれているため、帳票生成自体は行いやすい一方で、「登録番号」や「税率区分」「税率ごとの税額計算」などは、テンプレート側で明示できる形になっていないケースがあります。

特に注意したいケースは、税率が複数混在する場合（10%と8%が同時に存在する取引）です。この場合、明細レベルで税率を分け、税率ごとに小計と税額を出す設計が求められます。BtoB取引ではこの点を厳密に求められることが多いため、出力フォーマットの仕様確認が欠かせません。

領収書・納品書のインボイス対応ポイント

請求書だけ整えても、運用上は不足することがあります。理由は、取引先が「経費精算に領収書が必要」「受領証跡として納品書が必要」といった社内ルールを持っている場合があるためです。Shopifyストア側としては、請求書と合わせて領収書や納品書もインボイス対応の視点で整理しておくとスムーズです。

領収書については、基本的に「代金を受領した事実」を示す書類です。インボイス制度の観点では、領収書であっても適格請求書の要件を満たせば、仕入税額控除の要件書類として扱われます。つまり、領収書にも登録番号や税率・税額の表示が必要になるケースがあります。

一方、納品書は「いつ・何を納品したか」を示す書類であり、法的に必須ではないものの、法人取引では求められやすい帳票の一つです。納品書の場合も、取引年月日や品目、数量、金額の記載中心ですが、インボイス運用では請求書と突合できるよう、注文番号や取引先情報を載せておくと管理が容易です。

実務上の落とし穴として、領収書と納品書、請求書を別々の形式で運用し、記載内容が微妙にズレるケースがあります。帳票を複数発行する場合は、同一注文データから一貫した情報を出力できる運用（アプリで統一するなど）を検討すると、トラブルを防ぎやすいです。

BtoB取引で求められやすい帳票

ShopifyはBtoC向けの印象が強いものの、法人向け販売（BtoB）にも活用できます。ただし、BtoB取引では「必要な書類の種類」が増えやすく、インボイス対応もより厳密になりがちです。

代表的なものが、見積書と請求書の発行です。BtoBでは、購入前に見積書を提出し、合意後に請求書を発行し、入金確認後に領収書を出す、といった手順が一般的です。Shopifyの通常フロー（注文→決済→発送）だけでは完結しないため、運用設計そのものをBtoB寄りに組み立てる必要があります。

ここで整理しておきたいのは、次の考え方です。

• 見積書：取引前の条件提示（インボイス要件は必須ではないが、税率や金額明細は明確に）
• 請求書（適格請求書）：取引後の税務要件を満たす帳票（登録番号・税率区分・税額が重要）
• 領収書：入金後の受領証跡（請求書と同レベルの記載が求められることがある）
• 納品書：納品の証跡（注文番号・日付・明細を整えると管理が楽）

つまり、BtoBの帳票は「どれか一つを整えればOK」ではなく、社内処理や監査に耐える形でセットで整備する必要があります。Shopifyストアで法人取引を扱う場合は、インボイス対応アプリの導入や、会計ソフト連携によって帳票周りの運用を標準化しておくと、販売機会を逃しにくいです。

Shopifyでインボイス（適格請求書）を発行する方法

ここでは、Shopifyで適格請求書を発行する代表的な方法と、実務上の選び方を紹介します。

Shopify標準機能だけでは完結しない

結論からいうと、Shopifyは日本のインボイス制度に適合した請求書（適格請求書）を標準機能だけで自動生成する設計になっていません。

Shopify管理画面では、注文詳細（Order details）として商品名や数量、税金、送料などを確認できますが、それをそのまま「インボイス要件を満たす請求書フォーマット」で出力できるとは限りません。特に、次のような要素が不足しやすい点が課題です。

• 適格請求書発行事業者の登録番号（T番号）を帳票に確実に表示する仕組みが弱い
• 税率ごとの区分表示、税率ごとの消費税額の表示がテンプレート次第である
• 「請求書」「領収書」「納品書」など日本の商習慣に合った帳票の定型がない
• 取引先（法人側）が求める形式（印影・ロゴ・明細の粒度）に合わせづらい

そのため、Shopifyでインボイスを発行するには、後述する①手動作成、②会計ソフト、③アプリといった外部手段で補うことが現実的です。

手動で請求書を作成する

最もシンプルなのは、Shopifyの注文情報を見ながら、ExcelやGoogleスプレッドシート、請求書テンプレートで手動作成する方法です。小規模ストアや、インボイス発行の頻度が低い場合は、この運用でも十分回であることが多いです。

手動作成の基本フローは次のとおりです。

1. Shopify管理画面で注文内容（商品・数量・価格・税・送料）を確認する

2. 請求書テンプレートに転記（またはコピペ）する

3. 登録番号（T番号）や税率区分、税額を記載してPDF化する

4. メール添付、または顧客にダウンロード提供する

メリットは、コストをかけずに開始でき、帳票の自由度も高い点です。取引先の指定フォーマットがある場合や、請求内容が例外的な場合にも対応しやすいです。

一方、デメリットは明確で、作業が属人化しやすく、転記ミスが起きやすい点にあります。注文が増えてくると、請求書発行がボトルネックになり、発送・カスタマー対応にも影響する可能性があります。目安として、月に数件程度なら手動でも可能ですが、件数が増えるほど自動化（アプリ・会計ソフト）を検討した方が安全です。

会計ソフトで発行する

次にfreee会計やマネーフォワード クラウド会計、弥生などの会計ソフト側で請求書を発行する方法があります。既に会計ソフトを導入している事業者の場合、最も現実的で、管理も一元化しやすい選択肢です。

会計ソフトを使うメリットは、インボイス制度に対応した帳票テンプレートが用意されていることが多く、登録番号や税率・税額も扱いやすい点です。また、売り上げ計上や入金管理と同じ仕組みの中で請求書を発行できるため、バックオフィス全体の整合性が取れます。

ただし、Shopifyと会計ソフトの設計思想が異なるため、次の点でつまずきやすいことがあります。

• Shopify注文データを会計ソフトへどう取り込むか（CSV、連携アプリ、API連携など）
• 「注文＝請求」ではない取引（BtoBで後払い等）の扱い
• 手動入力が残ると二重入力になり、効率化の効果が薄れる

この方法のポイントは、請求書発行と売り上げ計上を同じデータで回すことです。Shopify側で売り上げが立っているのに、会計ソフト側は別入力になっている、という状態だと管理が複雑です。連携の仕組みを整えられるなら、会計ソフト運用は長期的に安定しやすい方法です。

Shopifyアプリで発行する

運用負担とミスを最小化したい場合、最も実務的なのがShopifyアプリを活用する方法です。注文データを基に請求書や領収書、納品書などを自動生成し、PDF出力やメール送付まで含めて一連の作業を効率化できます。

Shopifyアプリを使う主なメリットは次のとおりです。

• Shopify注文と帳票が直結するため、転記が不要である
• 請求書・領収書・納品書などを同じテンプレートで統一しやすい
• 登録番号（T番号）や税率表示をテンプレに固定しやすい
• 出力・送付を自動化でき、運営規模が拡大しても破綻しにくい

特に、BtoBが混ざるストアでは「帳票が出せないことで取引を失う」リスクがあるため、アプリ導入の優先度が高くなります。

一方で、アプリによって対応範囲や料金体系が異なるため注意が必要です。例えば、帳票の種類（請求書だけ／領収書も／納品書も）や日本語対応、軽減税率の表記、ロゴや印影の自由度など、比較すべきポイントは複数あります。

この後のセクションでは、具体的なアプリとして「Order Printer」や「Quick Order Printer」を取り上げ、どのようなケースに向いているか、どのように請求書を発行するかを詳しく解説します。

インボイス（適格請求書）発行におすすめのアプリと発行方法

ここでは、インボイス（適格請求書）の発行に役立つ代表的なアプリと、基本的な請求書発行方法を紹介します。

Order Printer

Shopify Order Printerは、注文に関連する帳票をカスタマイズして印刷できる無料アプリです。ピッキングリストや納品書、請求書、領収書などを、単体注文だけでなく複数注文をまとめて出力できるため、発送業務の効率化に役立ちます。

帳票のテンプレートは、HTML／CSS／Liquidを使って柔軟に編集できます。顧客向け書類の表示項目やデザインを自社の運用に合わせて調整でき、注文データを使ったプレビューも可能です。さらに、アプリに移動しなくても最大50件まで一括印刷できるため、日々の出荷処理をスピーディに進められます。

なお、標準状態のままではインボイス要件（登録番号や税率区分など）を自動で満たす設計ではないため、インボイス対応を行うにはテンプレートを簡単にコード編集する必要があります。

Order Printerを使ってインボイス対応の請求書を作成する主な手順は次のとおりです。

1. 「Shopify Order Printer」をインストールする

2. Shopifyの管理画面「Order Printer」下の[テンプレート] → ［請求書］をクリックする

3. 初期状態で「invoice（請求書）」にチェックが入っていることを確認する

4. 「invoice（請求書）」をクリックしてテンプレート編集画面を開く

5. 表示されている初期コードを確認し、8行目（  ）の末尾に「<br />」を追加、9行目に「事業者登録番号：1234567890123」を追加する

6. 「Save（保存）」をクリックして変更内容を保存する

Mixlogue Quick Order Printer

Mixlogue Quick Order Printerは、インボイス制度に対応した帳票を、Shopifyの注文データから自動作成できるアプリです。領収書（明細あり／なし）や納品書（金額あり／なし）、請求書、見積書など幅広い帳票に対応しており、複数の帳票をまとめて一括作成・印刷できます。発行者情報や請求書の振込先を自由に登録できる他、社印（角印）などを画像で登録できる点も特徴です。

データ管理面でも安心感があり、全てのデータはShopifyサーバー内に記録され、外部サーバーには保持されません。卸売・B2B向けの本格的な受注管理システム「plus」プランも用意されており、運用規模に応じて導入後にアップグレード可能です。テンプレート切り替え機能も備えており、帳票のデザインを用途に応じて変更できます。

料金プランは月額9ドルの「フルアクセス」のみで、7日間の無料体験が利用可能です。

Mixlogue Quick Order Printerを使ってインボイス対応の請求書を作成する主な手順は次のとおりです。

1. 「Quick Order Printer」をインストールする

2. Quick Order Printerを開き、「文書設定」をクリックし、必要な項目を入力する

3. 「インボイス制度に対応した請求書を発行する」にチェックを入れる

4. 必要に応じて「インボイス制度に対応した領収書を発行する」や「インボイス制度に対応した納品書を発行する」にもチェックを入れる

5. 設定を保存する

6. 「Quick Order Printer」のトップ画面に戻る

7. 発行したい対象の注文番号にチェックを入れる

8. 発行書類にチェックを入れる（請求書／領収書／納品書など）

9. 登録番号が追加され、インボイス制度に対応した書類が完成する